Los frecuentes descabezamientos en las FF.AA. que realiza el presidente Lugo desde que asumió el poder generan sospechas, preguntas y especulaciones sobre un presunto proyecto autoritario al estilo del Socialismo del Siglo XXI. En países vecinos la estabilidad en los mandos militares es la constante, contrariamente a lo que pasa a nivel local.
El ex obispo, desde que se hizo cargo del Gobierno en agosto del 2008, ha realizado cambios en la cúpula militar en seis oportunidades (ver cuadro). En cinco ocasiones efectuó una verdadera barrida en los mandos principales de la institución castrense, no así el 20 de mayo del 2009, cuando destituyó a los comandantes del Ejército, Armada y del Comando de Ingeniería como consecuencia de la polémica reunión de jóvenes de izquierda en el Comando de Ingeniería. Lugo se había visto embretado por las críticas políticas de la oposición por la utilización del cuartel de Ingeniería, que se vio adornado de banderas de partidos e íconos de izquierda, como el Che Guevara, por lo que procedió a sacrificar al entonces comandante del Ejército, Gral. Brig. Alfredo Machuca; al de la Armada, Calte. Rubén C. Valdez; y al Cmdte. de Ingeniería, Cnel. Felipe Santiago Cañete.
Los relevos masivos y frecuentes de Lugo en las FF.AA. son una fuente constante de inquietud en la institución militar, enojos, preguntas sin respuestas y especulaciones sobre el proyecto político autoritario que tendría entre manos el gobernante.
Varios militares que fueron removidos de jefaturas en las FF.AA. criticaron las medidas de Lugo y hablaron de manoseo de los militares. El contralmirante Cíbar Benítez, ahora retirado, había hablado de manoseo cuando fue destituido en el 2009 de la comandancia de las Fuerzas Militares. El Gral. de Brig. Heriberto Insaurralde dijo la semana pasada, al dejar la comandancia de la 1ª Brigada Aérea, que bajo el mando de Lugo no existe un plan de carrera y que los militares están a merced de los gobernantes de turno. El militar en su discurso de despedida instó a sus camaradas a decir un rotundo no a implementar las Fuerzas Armadas bolivarianas en nuestro país. Por otra parte, varios militares aseguraron que en Brasil y Chile los comandantes duran varios años en sus cargos.